1982年主持完成“宁神灵治疗神经官能症的研究”课题；1986年6月承担国家科委七·五攻关课题“中医药治疗劳淋的研究”，并担任全国老中医经验研究九个课题组的组长；1989年主持完成“血尿的临床研究” 课题；1990年主持完成“中西医结合治疗慢性肾小球肾炎”课题；1996年主持完成“疏肝健脾活血软坚清热利湿治疗肝炎后肝硬化的临床与实验研究”课题；1999年主持完成“肝舒康冲剂治疗慢性乙型肝炎及肝纤维化的临床与基础研究”课题；2002年主持完成“肾炎Ⅱ号水丸治疗IgA肾病血尿的进展研究”课题；2005年5月 “张琪学术思想及临证经验研究”课题获得“十五”国家科技攻关计划项目资金；2007年 9月“张琪教授治疗慢性肾衰竭经验临床应用及疗效评价”课题获得“十一五”国家科技支撑计划项目资金。