1982年“宁神灵治疗神经官能症的研究”获黑龙江省人民政府优秀科技成果三等奖，1989年获得布鲁塞尔尤利卡国际发明博览会银奖。1987年《临床经验集》获黑龙江省医药卫生科技成果三等奖。1989年“血尿的临床研究”获黑龙江省科学技术进步四等奖。1990年“中西医结合治疗慢性肾小球肾炎”获黑龙江省医药科技进步二等奖。1991年“著名老中医张琪治劳淋经验的临床和实验研究”获黑龙江省科技进步二等奖、国家中医药管理局科技进步二等奖。1993年《张琪临床经验荟要》获黑龙江省中医药科技进步二等奖。1993年《中国名老中医经验集萃》获北京市科技进步三等奖。1996年“疏肝健脾活血软坚清热利湿治疗肝炎后肝硬化的临床与实验研究”获黑龙江省科技进步二等奖。1999年“肝舒康冲剂治疗慢性乙型肝炎及肝纤维化的临床与基础研究”获黑龙江省科技进步二等奖。2002年“肾炎Ⅱ号水丸治疗IgA肾病血尿的进展研究”获黑龙江省科技进步三等奖。2010年“张琪学术思想及临证经验研究”获黑龙江省科技进步二等奖，《张琪肾病医案精选》获中华中医药学会学术著作二等奖。2013年“张琪学术思想及临证经验研究”获中华中医药学会科学技术二等奖。2019年《张琪肾病论治精选》获中华中医药学会学术著作三等奖。2023年《国医大师张琪学术经验集》获世界中医药联合会中医药国际贡献奖著作一等奖。